Kaasaegse Kooli Sihtasutust juhib, esindab ja vara käsutab sihtasutuse juhatus. Sihtasutuse juhatusse kuuluvad Viljar Kähari ja Urmas Ruus.
Kaasaegse Kooli Sihtasutuse juhtimist kavandab ja kontrollib nõukogu. Nõukogu liikmeteks on Sven Papp, Helen Lauri ja Heiki Tulk.
Kaasaegse Kooli Sihtasutuse avalikuks kontaktisikuks on Viljar Kähari, e-posti aadress: viljar.kahari@eesti.ee.
Kaasaegse Kooli Sihtasutuse põhikiri on leitav siit